Très tôt, il donne les signes d’une intelligence précoce et s’intéresse à la découverte des langues qui ne sont pas la sienne. Il apprend le latin, le grec, l’hébreu, l’arabe, l’araméen, le syriaque.
À seize ans, il maîtrise tous ces codes linguistiques différents, si bien que l’un de ses frères aînés, Jacques-Joseph, décide de financer les études de cet enfant prodigieux.
Jean-François, qui se passionne depuis longtemps pour l’Égypte, décide alors que le décodage de l’écriture hiéroglyphique sera sa mission et que le copte deviendra la clef de cette quête incommensurable.
Il comprend rapidement que le copte est une forme évoluée de l’ancien égyptien, il se met donc à l’élaboration de deux grammaires, illustrant les deux dialectes coptes en usage : le saïdique et le bohaïrique.
Il constitue également un dictionnaire de copte, ce qui lui permet désormais de s’appuyer sur une base solide dans ses démarches comparatives avec le mode hiéroglyphique.
Jusqu’en 1816, il étudie le copte et la civilisation égyptienne, explorant manuscrits, tablettes et papyrus, à la recherche d’indices de traduction.
À travers des reproductions, souvent en mauvais état, le jeune Champollion passe des heures à déchiffrer la pierre de Rosette, découverte plus tôt, en 1799, par un officier français pendant l’expédition napoléonienne en Égypte.
Cette tablette, recouverte de hiéroglyphes, présentait également le texte en grec et en démotique, ce qui apporta aux archéologues et aux historiens un nouvel éclairage dans la course au décryptage des fameux symboles égyptiens.
D’autres scientifiques s’intéressent de près au langage des dynasties pharaoniques. Les hiéroglyphes incarnent alors l’un des mystères les plus fascinants pour le monde occidental.
Tandis que Champollion multiplie les efforts pour prendre de l’avance dans ses recherches, la chute de l’empire de Napoléon l’oblige à l’exil avec son frère.
Profondément agacé par ce ralentissement alors que l’Anglais Thomas Young progresse dangereusement de son côté, Champollion ne se décourage toutefois pas. Il s’acharne, lentement, et fondera même sa nouvelle thèse sur les avancées de Young, notamment sur l’évidence que les hiéroglyphes présentent à la fois des caractères alphabétiques et non alphabétiques.